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在特種醫(yī)學學科下設6個研究方向：1. 航空與航天醫(yī)學；2. 航海與潛水醫(yī)學；3. 放射與輻射醫(yī)學；4. 運動醫(yī)學；5. 職業(yè)病學；6. 法醫(yī)學。
1. 航空與航天醫(yī)學
航空與航天醫(yī)學是研究在航空、航天特殊環(huán)境下人體所出現(xiàn)的各種醫(yī)學問題的一門交叉邊緣學科。其主要任務是為發(fā)展我國航空、航天事業(yè)提供相關(guān)的醫(yī)學和（或）生命科學方面的理論和技術(shù)保障；培養(yǎng)高素質(zhì)航空、航天醫(yī)學事業(yè)的專業(yè)技術(shù)人才；研究航空、航天對人體健康的影響機制，以及相應疾患的預防、診斷和治療，并提出防護措施，以保障作業(yè)人員與乘員在健康、安全、舒適的環(huán)境下工作。
航空與航天醫(yī)學學科主要研究方向有航空航天生理學、航空航天生物動力學、航空航天心理學、航空航天工效學、航空航天臨床醫(yī)學、航空航天衛(wèi)生學、航空航天醫(yī)學工程等。
2. 航海與潛水醫(yī)學
航海醫(yī)學是研究航海條件下人體各種醫(yī)學問題的學科，它是醫(yī)學科學與航?？茖W相互融合的一門學科，是醫(yī)學科學在航海條件下的具體應用。航海醫(yī)學就是研究航海條件下，引起航海從業(yè)人員的生理、心理反應和病理變化，以及相關(guān)疾病的發(fā)生、發(fā)展規(guī)律、診斷和防護以及治療措施的學科。
潛水醫(yī)學主要研究和解決潛水作業(yè)過程中人體的各種醫(yī)學問題，主要研究人體在水下和高壓環(huán)境中以及潛水作業(yè)時的生理反應和病理變化，潛水疾病的防治，潛水作業(yè)中的衛(wèi)生學要求和醫(yī)學保健技術(shù)措施，潛水器具和裝備的研制以及醫(yī)學生理學的鑒定等的評價。
航海與潛水醫(yī)學學科主要研究方向有航海衛(wèi)生學、航海流行病學、航海心理學、潛水生理學與醫(yī)學、潛艇醫(yī)學、高壓生理學與醫(yī)學等。
3. 放射與輻射醫(yī)學
放射與輻射醫(yī)學是一門醫(yī)學綜合學科，與核物理、輻射化學、臨床醫(yī)學等緊密相關(guān)。主要研究電離輻射生物效應及機制，輻射對人體損傷的病理機制、診治及防護。包括人體在接觸放射與輻射源或接受醫(yī)療照射治療過程中對職業(yè)照射人員和患者等的防護，放射與輻射裝置包括發(fā)電用壓水反應堆的安全與防護，輻射監(jiān)測、放射性廢物的安全管理，職業(yè)照射人員的健康管理，核武器襲擊的防護等。
隨著我國核能事業(yè)的發(fā)展，特別是核能由國防重點轉(zhuǎn)向和平利用，射線和輻照技術(shù)得到廣泛應用。從分子、細胞和整體水平研究輻射效應，闡明危害機理，提出有效防護措施是當前放射與輻射醫(yī)學學科發(fā)展的主要內(nèi)容。
放射與輻射醫(yī)學學科主要研究方向有放射生物學、生物物理學、輻射血液學、輻射免疫學、輻射遺傳學、放射毒理學、輻射劑量學、放射流行病學、放射病臨床醫(yī)學、放射治療學、輻射防護藥和增敏藥的藥物藥理學等。
4. 運動醫(yī)學
運動醫(yī)學主要是研究運動和缺乏運動給人體帶來的生理學、病理學問題以及與競技運動有關(guān)的醫(yī)學問題。從醫(yī)學角度闡明體力活動及靜態(tài)生活方式對健康的影響以及在各種慢性疾病病因?qū)W中的作用，為一些常見疾病的預防、治療和康復研究提供醫(yī)學手段，以達到增強體質(zhì)、促進健康的目的。同時，運用醫(yī)學知識和技術(shù)對競技運動參加者進行醫(yī)學監(jiān)督和指導，防治運動傷病，保障運動參加者的健康，增強體質(zhì)和提高運動成績。
運動醫(yī)學學科的主要研究方向有運動醫(yī)務監(jiān)督、運動損傷、運動營養(yǎng)學、醫(yī)療體育、運動康復及運動傷病的體育防治等。
5. 職業(yè)病學
職業(yè)病學是研究特殊勞動環(huán)境對職業(yè)人群健康的影響和如何改善勞動條件的一門特殊學科。主要研究企業(yè)、事業(yè)單位和個體經(jīng)濟組織內(nèi)的職業(yè)人群在職業(yè)活動中，因接觸粉塵、放射性物質(zhì)和其他有毒、有害物質(zhì)等因素而引起的疾病。其主要任務是識別、評價、預測和控制特殊勞動條件對職業(yè)人群健康的影響。
職業(yè)病學學科主要研究方向有粉塵與塵肺、物理因素引起的職業(yè)病、生物因素引起的職業(yè)病、職業(yè)中毒、職業(yè)性放射性疾病、職業(yè)性腫瘤、職業(yè)性皮膚病等。
6. 法醫(yī)學
法醫(yī)學是應用醫(yī)學及其他自然科學的理論與方法，研究并解決立法、偵查、審判實踐中涉及的醫(yī)學問題的一門科學。法醫(yī)學是一門聯(lián)結(jié)醫(yī)學與法學的應用交叉醫(yī)學學科，兼具自然科學和社會科學的雙重屬性。
法醫(yī)學為制定法律提供科學依據(jù)，為偵查、審判提供客觀的實驗證據(jù)。法醫(yī)學分為基礎法醫(yī)學和應用法醫(yī)學兩部分，前者研究法醫(yī)學的基本原理、基礎理論與技術(shù)，后者是運用法醫(yī)學的理論和方法，解決司法、立法和行政管理上的有關(guān)問題，包括受理諸如傷害、死亡、交通事故、親子鑒定等案件的醫(yī)學鑒定、醫(yī)療糾紛等與法律有關(guān)的醫(yī)學問題，以及臟器移植、現(xiàn)代生殖技術(shù)所涉及的法律和社會問題。另外，通過對非正常死亡的尸體檢驗，有助于發(fā)現(xiàn)傳染病等疾病、明確中毒和災害事故的原因，實施有效的防治及行政處理。
法醫(yī)學學科主要研究方向有法醫(yī)倫理學、法醫(yī)病理學、臨床法醫(yī)學、法醫(yī)物證學、法醫(yī)血清學、法醫(yī)人類學、法醫(yī)牙科學、法醫(yī)化學、法醫(yī)放射學、法醫(yī)毒物學、法醫(yī)精神病學、法醫(yī)昆蟲學、醫(yī)學法學等。

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