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截至2013年底，學院有國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點建設(shè)學科2個，廣西高校重點學科3個，廣西衛(wèi)生重點建設(shè)學科1個；有2個為碩士授權(quán)一級學科。
國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點建設(shè)學科：中醫(yī)康復學 、中藥化學 
廣西高校重點學科：生物化學與分子生物學、人體解剖與組織胚胎學、小兒腎臟病學
廣西衛(wèi)生重點建設(shè)學科：神經(jīng)病學
碩士授權(quán)一級學科：臨床醫(yī)學、基礎(chǔ)醫(yī)學