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截至2016年8月，學校有3個國家重點學科，3個國家重點（培育）學科，2個農(nóng)業(yè)部重點學科，2個省級重點學科群，10個省級一級重點學科，農(nóng)業(yè)科學學科進入ESI國際學科排名前1%。有9個博士學位授權(quán)一級學科點，20個碩士學位授權(quán)一級學科點；1個博士專業(yè)學位授權(quán)類別，7個碩士專業(yè)學位授權(quán)類別；10個博士后科研流動站、2個博士后科研工作站；71個本科專業(yè)。 
世界一流學科建設學科：畜牧學
ESI全球前1%學科：農(nóng)業(yè)科學、植物學與動物學 
國家重點學科（3個）：農(nóng)業(yè)機械化工程、基礎獸醫(yī)學、動物營養(yǎng)與飼料科學。
國家重點學科培育點（3個)：蔬菜學、動物遺傳育種與繁殖、臨床獸醫(yī)學。
農(nóng)業(yè)部重點學科（2個）：動物遺傳育種與繁殖、動物營養(yǎng)與飼料科學。
省級重點學科群（2個）：新型農(nóng)業(yè)裝備制造產(chǎn)業(yè)、綠色食品生產(chǎn)與加工。
省級一級重點學科（10個）：作物學，畜牧學、獸醫(yī)學、農(nóng)林經(jīng)濟管理、食品科學與工程、農(nóng)業(yè)工程、園藝學、生物學、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、植物保護。
“211工程”三期重點學科建設項目（5個）：黑龍江省糧食作物豐產(chǎn)優(yōu)質(zhì)技術(shù)與應用、東北農(nóng)區(qū)優(yōu)質(zhì)安全畜產(chǎn)工程、東北農(nóng)區(qū)奶牛健康監(jiān)控與疾病防治、糧食主產(chǎn)區(qū)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)裝備創(chuàng)新工程、乳品大豆加工理論與關(guān)鍵技術(shù)。
博士后科研流動站（8個）：畜牧學、作物學、獸醫(yī)學、農(nóng)業(yè)工程、農(nóng)林經(jīng)濟管理、食品科學與工程、園藝學，生物學。
博士后科研工作站（2個）：國家乳品工業(yè)技術(shù)研究中心、國家大豆工程技術(shù)研究中心。
博士學位一級學科授權(quán)點（9個）：畜牧學、作物學、獸醫(yī)學、農(nóng)業(yè)工程、農(nóng)林經(jīng)濟管理、食品科學與工程、生物學、生態(tài)學、草學。
博士學位二級學科授權(quán)點（48個）：作物栽培學與耕作學，作物遺傳育種，農(nóng)業(yè)遙感與土地利用，作物生態(tài)學，農(nóng)業(yè)機械化工程，農(nóng)業(yè)水土工程，農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程，農(nóng)業(yè)電氣化與自動化，環(huán)境水利，農(nóng)業(yè)系統(tǒng)工程與管理工程，基礎獸醫(yī)學，預防獸醫(yī)學，臨床獸醫(yī)學，動物藥學，動物遺傳育種與繁殖，動物營養(yǎng)與飼料科學，特種經(jīng)濟動物飼養(yǎng)，畜牧系統(tǒng)管理，動物行為學，草學，食品科學，糧食、油脂及植物蛋白工程，農(nóng)產(chǎn)品加工及貯藏工程，水產(chǎn)品加工及貯藏工程，發(fā)酵工程，植物學，微生物學，生物化學與分子生物學，動物學，發(fā)育生物學，遺傳學，生理學，水生生物學，細胞生物學，神經(jīng)生物學，生物物理學，蔬菜學，農(nóng)業(yè)經(jīng)濟管理，林業(yè)經(jīng)濟管理，生態(tài)學。
專業(yè)學位博士點（1個）：獸醫(yī)博士。
碩士學位一級學科授權(quán)點（20個）：畜牧學，作物學，獸醫(yī)學，農(nóng)業(yè)工程，農(nóng)林經(jīng)濟管理，食品科學與工程，生物學，生態(tài)學，草學，機械工程，計算機科學與技術(shù)，公共管理，工商管理，管理科學與工程，植物保護，農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境，風景園林學，軟件工程，應用經(jīng)濟學，馬克思主義理論。
碩士學位二級學科授權(quán)點（101個）：作物栽培學與耕作學，作物遺傳育種，農(nóng)業(yè)遙感與土地利用，作物生態(tài)學，植物病理學，農(nóng)業(yè)昆蟲與害蟲防治，農(nóng)藥學，農(nóng)業(yè)機械化工程，農(nóng)業(yè)水土工程，農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程，農(nóng)業(yè)電氣化與自動化，農(nóng)業(yè)系統(tǒng)工程與管理工程，環(huán)境水利，管理科學與工程，計算機系統(tǒng)結(jié)構(gòu)，計算機軟件與理論，計算機應用技術(shù)，軟件工程，機械電子工程，機械制造及其自動化，機械設計及理論，車輛工程，基礎獸醫(yī)學，預防獸醫(yī)學，臨床獸醫(yī)學，動物藥學，動物遺傳育種與繁殖，動物營養(yǎng)與飼料科學，特種經(jīng)濟動物飼養(yǎng)，畜牧系統(tǒng)管理，動物行為學，草學，食品科學，糧食、油脂及植物蛋白工程，農(nóng)產(chǎn)品加工及貯藏工程，水產(chǎn)品加工及貯藏工程，發(fā)酵工程，植物學，微生物學，生物化學與分子生物學，動物學，發(fā)育生物學，遺傳學，生理學，水生生物學，細胞生物學，神經(jīng)生物學，生物物理學，水文學及水資源，生物化工，應用化學，土壤學，植物營養(yǎng)學，生態(tài)學，行政管理，社會醫(yī)學與衛(wèi)生管理，教育經(jīng)濟與管理，社會保障，土地資源管理，果樹學，蔬菜學，風景園林學，國民經(jīng)濟學，區(qū)域經(jīng)濟學，財政學（含：稅收學），金融學（含：保險學），產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學，國際貿(mào)易學，勞動經(jīng)濟學，統(tǒng)計學，數(shù)量經(jīng)濟學，國防經(jīng)濟學，會計學，旅游管理，技術(shù)經(jīng)濟及管理，農(nóng)業(yè)經(jīng)濟管理，林業(yè)經(jīng)濟管理，馬克思主義基本原理，馬克思主義發(fā)展史，馬克思主義中國化研究，國外馬克思主義研究，思想政治教育，英語語言文學，企業(yè)管理（含財務管理、市場營銷、人力資源管理）。
專業(yè)學位碩士點（5個）：工程碩士，農(nóng)業(yè)推廣碩士，獸醫(yī)碩士，公共管理，工商管理。
本科專業(yè)（75個）：生物科學，生物技術(shù)，資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理，環(huán)境科學，機械設計制造及其自動化，子信息工程，計算機科學與技術(shù)，水利水電工程，食品科學與工程，生物工程，農(nóng)業(yè)機械化其自動化，農(nóng)業(yè)電氣化與自動化，農(nóng)業(yè)建筑環(huán)境與能源工程，農(nóng)業(yè)水利工程，農(nóng)學，園藝，植物保護，園林，農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境，動物科學，動物醫(yī)學，水產(chǎn)養(yǎng)殖學，信息管理與信息系統(tǒng)，工業(yè)工程，工程管理，工商管理，市場營銷，會計學，，行政管理，土地資源管理，農(nóng)林經(jīng)濟管理，金融學，法學，英語，應用化學，農(nóng)村區(qū)域發(fā)展，人力資源管理，信息與計算科學，國際經(jīng)濟與貿(mào)易，生態(tài)學，，保險學，社會工作，動物藥學，食品質(zhì)量與安全，土木工程，旅游管理，糧食工程，電氣工程及其自動化，音樂表演，藝術(shù)設計，草業(yè)科學，俄語，風景園林，乳品工程，制藥工程，水文與水資源工程，應用生物科學，軟件工程，物流工程，統(tǒng)計學，種子科學與工程，車輛工程，農(nóng)藝教育，園藝教育，畜禽生產(chǎn)教育，植物保護教育，廣播電視編導，對外漢語，包裝工程，物聯(lián)網(wǎng)工程，環(huán)境工程，植物科學與技術(shù)。
教學建設
質(zhì)量工程
截至2016年8月，擁有國家級特色專業(yè)10個，國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)2個，國家級精品課程4門、國家級精品視頻公開課4門、國家級精品資源共享課2門，國家級實驗教學示范中心3個，國家級大學生校外實踐教育基地4個，教育部、農(nóng)業(yè)部農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地4個，科技部創(chuàng)新人才培養(yǎng)基地1個，全國高校學生科技創(chuàng)業(yè)實習基地1個；獲得全國“百篇”優(yōu)秀博士學位論文1篇、提名4篇。學校是國家現(xiàn)代遠程教育試點院校，設有全國重點建設職業(yè)教育師資培養(yǎng)培訓基地。
國家級特色專業(yè)：動物醫(yī)學、農(nóng)業(yè)機械化及其自動化、農(nóng)學、生物技術(shù)、農(nóng)業(yè)水利工程、園藝、動物科學、計算機科學與技術(shù)、食品科學與工程、農(nóng)林經(jīng)濟管理。
國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)：乳品工程“3+1”人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)、動物科學專業(yè)創(chuàng)業(yè)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)。
國家級精品課程：獸醫(yī)外科學、動物生物化學。
國家級精品視頻公開課：乳與健康。
國家級精品資源共享課：動物生物化學、獸醫(yī)外科學。
國家級實驗教學示范中心：食品科學與工程實驗教學中心、植物科學與技術(shù)實驗教學中心、生命科學實驗教學中心
國家級大學生校外實踐教育基地：東北農(nóng)業(yè)大學-潤盈生物工程（上海）有限公司工程實踐教育中心、東北農(nóng)業(yè)大學-黑龍江省農(nóng)業(yè)科學院綏化分院農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地、東北農(nóng)業(yè)大學-黑龍江省農(nóng)業(yè)科學院園藝分院農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地、東北農(nóng)業(yè)大學-蘭西縣種豬場農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地。 
教育部、農(nóng)業(yè)部農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地：東北農(nóng)業(yè)大學綏化大豆農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地、東北農(nóng)業(yè)大學哈爾濱大宗蔬菜農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地、東北農(nóng)業(yè)大學蘭西生豬農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地、東北農(nóng)業(yè)大學哈爾濱西甜瓜農(nóng)科教合作人才培養(yǎng)基地。