水產(chǎn)學科目前形成了六個具有特色和優(yōu)勢的研究方向。（1）水產(chǎn)養(yǎng)殖學：主要開展海西特色和優(yōu)勢水產(chǎn)種類的良種選育、種苗培育和健康養(yǎng)殖技術等方面的研究，在壇紫菜、大黃魚、鰻鱺和鮑等水產(chǎn)品種的高效健康養(yǎng)殖和種苗繁育等方面的研究處于國內(nèi)先進水平。（2）水產(chǎn)生物遺傳與育種學：主要開展海西重要水產(chǎn)養(yǎng)殖動植物的遺傳改良和性別控制技術及相關的遺傳學基礎研究，在海水魚蝦貝藻特別是大黃魚、黃姑魚、壇紫菜的遺傳改良技術和成果居國內(nèi)領先水平。（3）水產(chǎn)基礎生物學：主要開展水產(chǎn)經(jīng)濟動植物的功能基因組學、蛋白質(zhì)組學和水產(chǎn)生物技術等方面的基礎研究，在擬穴青蟹、大黃魚和雜色鮑等水產(chǎn)動物的發(fā)育、變態(tài)、生殖調(diào)控和抗逆等的分子機制研究，取得了一系列重要的科研成果。（4）水產(chǎn)生物醫(yī)學：主要開展海西水產(chǎn)養(yǎng)殖品種的病害基礎理論研究和防治技術開發(fā)，在水產(chǎn)動物體液免疫、細胞免疫和分子免疫等領域研究成果顯著。（5）水產(chǎn)動物營養(yǎng)與飼料學：主要開展水產(chǎn)動物營養(yǎng)生理學研究和高效水產(chǎn)飼料的開發(fā)，在大黃魚、石斑魚、花鱸和對蝦營養(yǎng)研究以及高效環(huán)保配合飼料研發(fā)方面具有特色。（6）漁業(yè)資源學：主要開展?jié)O業(yè)資源調(diào)查與評估、海洋環(huán)境監(jiān)測與評價以及種群分子生態(tài)學研究，在漁業(yè)主要利用對象的生物學特性及其與生態(tài)環(huán)境因子的相互依存關系，生物多樣性保護以及漁業(yè)資源的可持續(xù)利用等方面取得了豐碩成果。
一、培養(yǎng)目標與要求
培養(yǎng)適應新世紀我國社會主義現(xiàn)代化建設需要的，德、智、體全面發(fā)展的，具有創(chuàng)新精神和實踐能力的教學、科研和技術推廣的水產(chǎn)養(yǎng)殖和漁業(yè)生產(chǎn)的高級專門人才， 具體要求如下：
1、掌握馬列主義的基本原理，堅持黨的基本路線，熱愛祖國，遵紀守法，具有良好的道德修養(yǎng)，具有正確的人生觀和價值觀；作風正派，具有嚴謹?shù)闹螌W態(tài)度和為科學獻身的精神，積極為社會主義現(xiàn)代化建設服務。
2、在水產(chǎn)方面掌握堅實的基礎理論、系統(tǒng)的專門知識和必要的實踐技能，熟悉所從事研究領域的發(fā)展動態(tài)；能較熟練地掌握和運用一門外國語, 能熟練地閱讀本專業(yè)的中外文書刊，具有一定的中英文寫作能力和進行國際、國內(nèi)學術交流的能力；具有較強的思維能力、創(chuàng)新能力；具有較強的計算機應用能力；具有從事本學科領域內(nèi)的科學研究和獨立擔負專門技術工作或教學工作的能力。
3、具有良好的心理素質(zhì)，身體健康。
二、培養(yǎng)主要內(nèi)容
（一）培養(yǎng)方式
1、指導方式：采取導師負責與導師組集體培養(yǎng)相結合的方式，要充分發(fā)揮導師的指導作用和研究生個人的特長與才能，注重研究生自己獲取知識能力的培養(yǎng)。
2、培養(yǎng)計劃的制定：研究生入學后一個月內(nèi)，導師應根據(jù)培養(yǎng)方案和課程設置的要求，結合研究方向的需要，與導師組的教師共同研究制定碩士研究生的個人培養(yǎng)計劃。培養(yǎng)計劃一式四份，三份分別由研究生處、學院和指導教師存檔，一份研究生自留。
（二）課程設置與要求
為使碩士研究生具有水產(chǎn)養(yǎng)殖學專業(yè)堅實的基礎理論、系統(tǒng)的專業(yè)知識和較熟練的實驗操作技能，必須學好學位課程，并根據(jù)研究方向需要和研究生基礎條件選讀幾門選修課程。課程學習方式，可采取課堂講授、專題報告和討論，或?qū)熤笇碌淖詫W，閱讀指定的書刊等方式，培養(yǎng)研究生獨立獲取知識，獨立思考、分析和解決問題的能力。無論何種方式，研究生都必須通過考試（或考查），平時成績應占30％以上，成績合格者（學位課程成績 70分以上，選修課程60分以上），方可獲得學分。
本專業(yè)碩士研究生的學習年限一般為三年，第一學年主要進行課程學習，后兩個學年主要進行學位課題研究、實踐和學位論文撰寫。但整個學習年限不得超過五年。研究生應在規(guī)定的學習期限內(nèi)完成培養(yǎng)計劃要求的課程學習、專業(yè)教學實踐和學位論文工作。個別因培養(yǎng)條件或特殊情況，不能完成培養(yǎng)計劃要求者，必須按規(guī)定提出延長時間的書面報告，經(jīng)學院審核，報學校主管部門批準后，可適當延長學習時間三至六個月。對少數(shù)學業(yè)優(yōu)秀、研究工作突出的碩士研究生，在完成培養(yǎng)計劃要求的前提下，可適當縮短學習年限。
本專業(yè)實行學分制，其中公共必修課6學分，專業(yè)課不低于8學分，學術活動1學分，實踐環(huán)節(jié)1學分，總學分要求不低于24學分。具體實施辦法按《集美大學研究生教學管理規(guī)定》執(zhí)行。（三）其他培養(yǎng)環(huán)節(jié)
1、實踐活動
本專業(yè)實踐活動包括教學、科研和社會實踐。依專業(yè)方向必要時可安排一定生產(chǎn)實踐。教學實踐從第二學年開始，包括專業(yè)課部分的課堂講授、實驗課指導、批改作業(yè)、輔導答疑、協(xié)助指導本科生論文等任務。實踐教育環(huán)節(jié)合格記1學分。已有一年以上大學教學實踐或二年以上工作經(jīng)歷的研究生可免修，仍計1學分。
  2、學術活動
學術活動包括Ⅰ類：在國內(nèi)外專業(yè)學術會議上作學術報告，或在國際專業(yè)學術會議上展示墻報，全文或摘要被會議論文集收錄。Ⅱ類：在校（院）級及以上學術報告會上作學術報告。III 類：參加專家學術講座、國內(nèi)外專業(yè)學術會議；參加以學校、學院或科研團隊為單位組織的研究生學術研討活動。學術活動以次作為計數(shù)單位，不得重復計數(shù)。學術學位碩士生在學期間至少參加Ⅱ類及以上學術活動1次，Ⅲ類學術活動10次。完成并合格，記1學分。
學術活動的規(guī)定參見《集美大學關于研究生參加學術活動的規(guī)定》。
3、開題報告
碩士研究生在進入論文工作之前，必須經(jīng)過認真的調(diào)查研究，查閱一定量的文獻資料（文獻閱讀篇數(shù)由導師規(guī)定），了解本人主攻研究方向的歷史和前沿進展。在此基礎上，確定自己的學位論文研究題目，并經(jīng)導師審核同意。碩士生一般應在第三學期內(nèi)完成論文的選題工作，提交學位論文計劃，并向所在學院的指導小組作開題報告，經(jīng)討論認為選題合適及計劃切實可行者，方能正式開展論文工作。
4、中期考核
在第三學期進行，由院黨政負責人、導師組成員和研究生秘書組成考核小組，考核研究生入學以來的政治思想、課程學習、論文選題及進展情況，合格者進入論文研究階段。考核工作按照《集美大學碩士研究生中期考核暫行規(guī)定》執(zhí)行。
（四）論文工作
  1、學位論文
從事科研工作并撰寫研究論文，是保障研究生培養(yǎng)質(zhì)量的重要環(huán)節(jié)。碩士論文的選題應具有一定的理論創(chuàng)新和應用前景。碩士生一般在第三學期內(nèi)完成論文的選題工作，最遲于第四學期的第一個月提交學位論文計劃，并填寫《學位論文開題報告申請表》，向所在研究生培養(yǎng)小組作開題報告。
研究工作實施期間，研究生要按照開題報告的設計，在導師指導下科學嚴謹?shù)剡M行每個內(nèi)容的實驗。論文研究工作完成后，導師應對研究生撰寫的學位論文仔細審閱，認真修改，經(jīng)導師和指導小組認定合格后，按有關規(guī)定申請論文答辯。碩士學位論文一般不少于 3萬字。
 2、中期報告
   碩士學位論文中期報告要求在入學第五學期中期前完成。研究生填寫《碩士研究生學位論文中期報告登記表》，并作中期報告。所在研究生培養(yǎng)小組成立中期報告檢查小組，根據(jù)碩士研究生論文中期進展情況進行考核評定。
3、發(fā)表論文要求
研究生應在導師指導下，積極參與導師的科研活動，畢業(yè)之前學術型碩士申請人應在核心期刊或本科高校學報發(fā)表或錄用1篇及以上學術論文,或被國內(nèi)外論文檢索源（包括SCI，EI，ISTP，SSCI，A&HCI，ISSHP、CSSCI、CSCD等）檢索。申請人的學術論文第一署名單位應為集美大學，申請人為第一作者或其導師為第一作者申請人為第二作者(每篇論文只能使用一次)。核心期刊目錄以論文被接收時北京大學圖書館公布的最新《中國核心期刊要目總覽》為準。
（五）畢業(yè)與學位授予要求
碩士學位論文答辯前，學位論文一般應在答辯前1個月完成，每篇碩士學位論文送3位校外本學科領域具有高級職稱的同行專家評閱。學位論文答辯委員會由3至5位具有高級專業(yè)技術職務或具有碩士研究生導師資格的專家組成，其中碩士研究生導師占半數(shù)以上，且至少有1名為校外專家。答辯委員會設主席1人，主席由具有碩士研究生導師資格的專家擔任。導師可以列席答辯會，但不擔任主席或委員。論文答辯委員會根據(jù)答辯的情況，就是否授予碩士學位作出決議。決議采取不記名投票方式，按百分制打分，并就是否通過論文答辯和建議授予學位進行表決，經(jīng)全體委員三分之二以上同意，方能通過。決議經(jīng)論文答辯委員會主席簽字后，報送學位評定委員會，經(jīng)校學位評定委員會作出授予學位的決定后，可獲得碩士學位。碩士學位論文答辯不合格的，經(jīng)論文答辯委員會同意，可在一年內(nèi)修改論文，重新答辯一次。
學位論文答辯工作參見《集美大學碩士學位和博士學位授予實施細則》。