新疆醫(yī)科大學藥學院的前身是創(chuàng)建于1978年的新疆醫(yī)學院藥學系。1998年，為加快新疆醫(yī)學高等教育事業(yè)的發(fā)展，適應(yīng)教育改革的需要，原新疆醫(yī)學院與原新疆中醫(yī)學院合并建立新疆醫(yī)科大學，同年藥學系更名為藥學院，它的成立標志了新疆高等藥學教育進入新的發(fā)展階段，是新疆藥學發(fā)展史上的重要里程碑。

藥學院下設(shè)六個教研室和分析測試中心。六個教研室是藥化/有機教研室、藥劑/物化教研室、藥分/分析/教研室、天藥/生藥教研室、藥理教研室和化學教研室。承擔了藥學專業(yè)本、?？频乃幚韺W、藥劑學、藥物分析、天然藥物化學、藥物化學、有機化學、物理化學、藥用植物學、醫(yī)用化學、基礎(chǔ)化學、分析化學、無機化學、生藥學、藥事管理、新藥設(shè)計與研究（選修）、體內(nèi)藥物分析（選修）、無機藥物化學（選修）、毒物分析（選修）、波譜學（選修）、藥學英語（選修）等課程的教學和實驗指導任務(wù)；此外，還為研究生班開設(shè)了近代儀器分析、新劑型研究與評價、生物藥劑學、波譜學、分子藥理學、心血管藥理學、免疫藥理學、神經(jīng)藥理學、日本語等課程；為基礎(chǔ)醫(yī)學院、預防醫(yī)學院及中醫(yī)學院開設(shè)了基礎(chǔ)藥理學、臨床藥理學、衛(wèi)生化學、中藥藥理學等課程；2003年開始承擔留學生的無機化學、有機化學和藥理學等課程的教學和實驗，年教學總工作量達6000學時以上。目前藥學院教研室教師均能在主講一門藥學專業(yè)主干課程的基礎(chǔ)上，還能兼講一門或幾門其他課程，做到了所謂“一人多課制”和“一課多人制”，為實現(xiàn)學科之間互相交叉滲透邁出了重要一步。

分析測試中心建立于2001年5月，2003年批準為校級重點實驗室。主要從事中、西藥物的分析測試，服務(wù)于校內(nèi)的教學和科研，同時也向校外開放服務(wù)，擁有大型LC-MS、HPLC、GC、UV、IR、600兆NMR等儀器。日元貸款儀器如噴霧干燥儀、低溫冷凍干燥儀、制備高效液相色譜儀、傅立葉變換紅外光譜儀、數(shù)字全自動旋光儀、超臨界流體萃取儀、離子色譜儀等不久可到位使用。

藥學院經(jīng)過二十七年的發(fā)展，已由當初招生規(guī)模小、專業(yè)設(shè)置單一、科研水平尚屬起步階段的小系逐漸發(fā)展到今天這樣的中等招生規(guī)模、專業(yè)方向多樣(2004年新增了臨床藥學、藥品營銷兩個專業(yè)方向)、教學與科研并重的、能夠培養(yǎng)高級藥學人才（碩士、博士）的藥學院。建系初，藥學系每年招生32人，民漢班隔年招生，在校學生人數(shù)只有128人。隨著社會對藥學人才需求量的增加，藥學院一方面增加專業(yè)設(shè)置，在擴大藥學專業(yè)招生的同時，還不定期的招收了醫(yī)院藥劑、藥品營銷、藥物新劑型等專業(yè)的學生；另一方面藥學院遵循“穩(wěn)定本科教學、加快發(fā)展研究生教學和重視成人教育和繼續(xù)教育”的原則，有計劃的擴大辦學規(guī)模，尤其是研究生培養(yǎng)工作得到飛速的發(fā)展。

目前，學院在院學生總數(shù)為751人，其中：全日制本科生538人，占71.6%；全日制本科生中少數(shù)民族學生315（58.6%）。業(yè)余本、?？粕?34人，占17.8%；研究生79人，占10.5%。學生規(guī)模和層次比例的增長，體現(xiàn)了學院“規(guī)模、結(jié)構(gòu)、質(zhì)量、效益”協(xié)調(diào)發(fā)展的指導思想。在今后的五年里，將繼續(xù)發(fā)展研究生教育，為新疆培養(yǎng)更多高學歷、高素質(zhì)的藥學人才。

藥學院擁有藥學博士后流動站（在站3名，出站1名），一個博士點（藥理），5個碩士點（藥理學、藥物分析、藥劑學、生藥學、藥物化學）。有博士導師9人，碩士導師24人,每年可招博士生9～16人；碩士研究生20～30人。學院師資力量雄厚，現(xiàn)有教職工95人。教師87人，其中教授13人，占教師隊伍的14.9%；副教授33人，占教師隊伍的37.9%；講師33人，占教師隊伍的37.9%；教師中具有博士學歷的15人。具有碩士學歷的教師有42人, 占教師隊伍的48.3%,碩士以上學歷的教師占教師隊伍的65.52%（57/87）。少數(shù)民族教師35人（40.2%），其中研究生以上學歷19人（54.3%）。20余人次受到國家、自治區(qū)和醫(yī)科大學表彰的教師。其中，有四位博士生導師被國務(wù)院授予有突出貢獻、享受政府特殊津貼的優(yōu)秀專家光榮稱號，并獲自治區(qū)優(yōu)秀專家榮譽稱號；一位教師獲得自治區(qū)名師獎；三位教師被授予自治區(qū)優(yōu)秀教師稱號；四位中青年教師分別獲中國大學生跨世紀發(fā)展獎學金、自治區(qū)第三屆優(yōu)秀大中專畢業(yè)生、全國青年科技之星、霍英東優(yōu)秀青年教師等榮譽稱號。

科研力量雄厚，近三年來獲得各類科研資助項目34項，其中國家自然科學基金項目5項、國家科技部西部開發(fā)專項項目1項、國家十五專項課題1項，共獲科研經(jīng)費850萬余元。取得各類科技成果獎25項，獲中華醫(yī)學獎1項，自治區(qū)科技進步獎7項，發(fā)明專利13項，在各類醫(yī)學刊物上發(fā)表論文192余篇。SCI收錄26篇，引用10篇。

進入21世紀，藥學院繼續(xù)以新疆醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展的需求為導向，繼往開來，與時俱進，開拓進取，努力把藥學院辦成教育思想先進、教育體系健全、辦學水平和辦學效益一流、科研水平和管理水平上檔次的在新疆乃至全國享有盛譽的藥學院。